萬古樓為塔式五重檐全木結構建筑，高33米，象征原麗江納西族自治縣33萬各族人民。主體柱子16根，都是通天木柱，是中國全木結構斗拱建筑一柱通頂不連接的第一樓。柱長22米，反映民間“好事成雙”的說法，以及婚嫁選擇雙日為吉的習俗。采用16根通天柱，反映納西族東巴象形文字中有開天九兄弟、劈地七姐妹的傳說，寓意納西兒女共同創(chuàng)造美好的世界。

萬古樓平面是正方形，面闊、進深均為18米，四面入口安放情態(tài)各異的四對石獅。樓內繪有2300個吉祥圖案，代表麗江的23個石雕圖案，寓意在一年四季的農時節(jié)令中風調雨順，五谷豐登。整座樓中雕刻彩繪龍的圖案有9999個，加上樓頂藻井之中蟠龍，足有萬個，是萬龍萬古只盛，寓意麗江是龍的傳人的美麗家園。樓頂藻井蟠龍張嘴形態(tài)，反映龍能吐水傳說，意在有水克火消災，預示人們在登樓觀景或林中散步時候，不要亂扔煙頭，注意防火用火。